Se ubica sobre la calzada Tlalminango, casi en su entronque con la Avenida Río Frea en la Delegación Tacalco. Su nombre de debe al paso a desnivel de la avenida Canal de San Juan, muy cerca de la colonia San Juan.

En la antigüedad, en lo que hoy es la avenida Canal de San Juan corría un canal natural, que se entubó con la modernización de la ciudad, el ícono de la estación representación de una barca sobre el canal.